Petit comptoir fondé aux environs de 1100 av. J.-C. par les Phéniciens, la ville passe sous l’influence de Carthage après la défaite d’Agathocle pendant les guerres puniques. Elle est ensuite occupée par les Romains sous le nom d’Hippo Diarrhytus ou Zaritus. Cette conquête efface d’un trait neuf siècles d’histoire punique : démantelée, la ville voit son territoire passer sous la coupe d’Utique, qui prend le parti de Rome. Il faudra longtemps pour qu’une nouvelle ville romaine s’érige à la place du site punique d’Hippo Diarrhytus. La ville est ensuite conquise par les armées musulmanes qui lui donnent son nom actuel. À partir de 1050, le déferlement des tribus hilaliennes provoque l’effondrement de l’État ziride, et le pays éclate en une multitude de petites principautés indépendantes.

Bizerte n’échappe pas à la tentation séparatiste. La restauration de l’autorité par les Almohades annonce une nouvelle rupture quelque 20 ans plus tard, l’Ifriqiya accède au statut de province autonome et voit émerger la dynastie hafside.

En 1535, les troupes de Charles-Quint prennent la ville, mais les Turcs les chassent en 1574. Elle connaît alors, grâce à son port, sa première grande période de prospérité. Base de pirates, le nombre des captifs chrétiens y dépasse les 20 000 au début du XVIIIe siècle. En réaction, la ville subit le bombardement de la marine du roi de France en 1681. Les 4 et 5 juillet 1770, l’escadre du comte de Broves bombarde à nouveau la ville et détruit les installations du port.
En 1784 et 1785, ce sont les Vénitiens qui bombardent la ville et le port avec des bombes incendiaires. L’abolition de la piraterie en 1818 aurait pu porter un coup fatal à Bizerte.
Mais le lac, dans lequel se reproduisent dorades, soles, mulets, loups et pageots, si faciles à piéger quand ils regagnent la mer en empruntant le chenal qui traverse la ville, compense pendant quelques années ces pertes de revenus. Les Bizertins deviennent donc pêcheurs, et c’est par centaines de tonnes que le poisson est exporté chaque année versTunis, l’Italie et la France.